Étude de la microflore naturelle des fromages du terroir par les outils de la génomique

DÉFIS INDUSTRIEL ET CONTEXTE DE LA RECHERCHE. Même si les fromages québécois satisfont souvent les plus hauts critères de qualité, il demeure que de grandes variations dans la qualité de ceux-ci sont encore constatées. Dans le contexte de l’arrivée de 17,7K tonnes de fromages européens s’ajoutant aux 20,4 t actuellement importées au Canada, il devient important de démarquer les produits d’ici. La microflore des fromages de spécialité est parmi l’un des plus importants facteurs qui influencent la qualité des produits. Cette microflore provient à la fois du ferment ajouté lors de la fabrication du produit et de la microflore naturelle retrouvée dans le lait et l’environnement de l’usine de transformation. Il évolue constamment, et ce, de la fabrication à la fin de l’affinage. Depuis peu, les techniques de la (méta-) génomique et de la (méta-) transcriptomique ont permis de réaliser des études d’une précision sans précédent contribuant à une meilleure compréhension des écosystèmes microbiens laitiers.

OBJECTIFS DU PROJET. Le principal objectif de ce projet était d’utiliser les nouveaux outils issus de la génomique pour caractériser la typicité de fromages de spécialité québécois et renseigner les fromageries sur les spécificités de leurs produits. Également, le projet visait à comprendre le rôle des microorganismes issus de la microflore naturelle du lait dans la qualité des produits fromagers. Afin d’y parvenir, le séquençage du génome de 20 bactéries et levures isolées de fromages du terroir a été effectué. Ceci a permis de mettre en lumière des caractéristiques génétiques ayant un impact sur la production de molécules ayant un rôle dans l’arôme et le goût des fromages.

PRINCIPALES RÉALISATIONS SCIENTIFIQUES. L’inventaire des espèces présentes dans les fromages de spécialité québécois a été réalisé pour 15 fromageries qui ont été recrutées lors du projet, ce qui a permis de caractériser 28 variétés de fromages. Pour plusieurs fromages, cette analyse a été réalisée à deux reprises, soit à deux ans d’intervalle. Les résultats ont permis d’identifier les microflores typiques et constantes des fromages d’une même catégorie, mais aussi de mettre en lumière les espèces présentes de façon typique pour certaines variétés. Il a aussi été possible d’identifier les fromageries qui ont des problèmes de constance et identifier les microorganismes en cause. Les différentes fromageries participantes recevront un rapport personnalisé indiquant la diversité de la microflore de leur(s) produit(s) ainsi qu’une comparaison avec les fromages de la même catégorie. Également, des analyses ont permis de déterminer la distribution précise de trois espèces de levure présentes dans les fromages québécois, révélant ainsi des traits typiques de certains fromages. Ces trois espèces de levures sont reconnues comme étant typiques de la microflore naturelle du lait. Finalement, une espèce bactérienne (S. equorum) a été caractérisée afin de comprendre son rôle dans l’affinage des fromages. En bref, ce projet permet aux fromagers et aux fromagères d’avoir une meilleure compréhension de la diversité microbienne de leur fromage et du rôle de certaines espèces se développant naturellement dans leurs produits. 

AVANTAGES POUR LE QUÉBEC. Ces travaux renseignent directement les fromagers et les fromagères sur la composition de la microflore de leurs fromages. Les outils développés permettent de mettre en évidence les problèmes au niveau de l’inconstance de la microflore et de la perte (ou du manque) de diversité dans certains fromages. La détection de microorganismes particuliers et la spécificité des flores associées aux terroirs permettront, aux fromageries qui le veulent, de disposer d’arguments pour obtenir des termes valorisants ou des appellations de spécificité auprès du CARTV. Également, les résultats permettent aux fromagers et les fromagères de décider des actions à prendre pour améliorer la qualité de leur fromage et de les rendre plus compétitifs face aux importations de produits étrangers.